Toksini su otrovne tvari koje stvaraju pojedini mikroorganizmi. Njihov utjecaj na ljude je vrlo različit od povišenja temperature, proljeva, šoka do uništavanja krvnih stanica i izazivanja grčeva. Dvije su osnovne skupine toksina, endotoksini i egzotoksini.

Egzotoksini: proizvode se unutar nekih bakterija, a onda se izlučuju u okolinu. Većina ih spada u enzime koji ubrzavaju pojedine procese, tako da mogu djelovati uzastopno više puta zbog čega su dovoljne vrlo male doze za izazivanje simptoma. Neke toksine zovemo prema stanicama koje napadaju, pa tako imamo neurotoksine, hepatotoksine ili enterotoksine. Drugi se zovu prema bolesti koju uzrokuju, npr. difterični toksin ili tetanusni toksin, a treći prema bakteriji koja ih proizvodi, kao što je botulinum toksin (bakterija Clostridium botulinum).

Endotoksini: oni su sastavni dio stjenke nekih bakterija a otpuštaju se kad ta bakterijska stanica umre. Svi endotoksini uzrokuju slične simptome, povišenu temperaturu, zimicu, slabost, bolove u tijelu i šok. Također, dovode do zgrušavanja krvi i začepljivanja malih kapilara.