Pojedini antibiotici uništavaju samo određene mikroorganizme. S obzirom na broj mikroorganizama na koje djeluje, razlikuju se antibiotici uskog spektra (djeluju na mali broj mikroorganizama) i antibiotici širokog spektra (djeluju na brojne vrste). Ako je to moguće, uvijek je bolje koristiti antibiotike uskog spektra, zbog manjeg utjecaja na rezistenciju.