Kolonoskopija je metoda pregleda unutrašnjosti sluznice crijeva. Koristi se posebni optički instrument (endoskop) s gumenim cjevastim nastavkom s kojim se ulazi kroz stražnje crijevo i uz osvjetljenje prati izgled sluznice gdje se može otkriti izvor krvarenja otkriven testiranjem stolice na oku nevidljivu krv. 

Za kolonoskopski pregled osoba se treba prethodno pripremiti dijetetskim postupkom čišćenja sluznice debelog crijeva prema uputama zdravstvene ustanove i korištenjem posebnog djetetskog tekućeg preparata za dodatno čišćenje sluznice crijeva. 

Ovu pretragu izvode posebno educirani liječnici specijalisti gastroenterologje, a u nekim zdravstvenim ustanovma i specijalisti kirurgije. Pregled traje 20 - 60 min, tijekom kojeg liječnik može uzeti i komadić sluznice crijeva (biopsija) za patohistološku dijagnostičku obradu promjene. Uzorak sluznice (bioptat) se obrađuje dodatnim patohistološkim i imunohistokemijskim metodama. Pregled se može obaviti i primjenom sredstva za ublažavanje bolova (analgetik) ili u općoj anesteziji. 

Nakon pregleda liječnik gastroenterolog daje mišljenje koji se nadopunjuje rezultatom dijagnostičke obrade bioptata. Pacijent dobija upute o daljnjim potrebnim kontrolnim pregledima odnosno preporuke o prehrani i načinu života.

Kolonoskopija je zlatni standard u otkrivanju raka debelog crijeva. Ona je dijagnostička pretraga jer otkriva promjene na sluznici u crijevima, ali i terapijska jer se u isti mah promjene (npr polipi) tijekom biopsije i uklanjaju bez primjene kirurškog liječenja.